Структура ФСБ: Центральный аппарат

Директор - Александр Васильевич Бортников

Заместители:

• Сергей Королев, первый заместитель с марта 2021 (источник), до него Сергей Смирнов
• Владимир Григорьевич Кулишов, первый заместитель и руководитель Пограничной службы ФСБ Россиис 11 апреля 2013, до него Владимир Егорович Проничев
• Александр Николаевич Купряжкин, статс-секретарь (с сентября 2018), до него Шальков Дмитрий Владиславович (назначен в марте 2015, ранее работал в Главном военном следственном управлении СК, источник), до него Юрий Сергеевич Горбунов (источник), назначен 20.12.05. Ранее возглавлял департамент правовых вопросов безопасности Государственно-правового управления Администрации Президента РФ
• Игорь Геннадьевич Сироткин, заместитель, руководитель аппарата Национального антитеррористического комитета (НАК), заместитель руководителя Федерального оперативного штаба, назначен в декабре 2015 года, до него Евгений Сысоев (с марта 2013 года - в декабре 2015 переведен в аппарат Шанхайской Организации Сотрудничества ШОС курировать направление по антитеррору, потом возглавил Академию ФСБ), до него Владимир Кулишов (с 19.08.08), до него Владимир Булавин, 

1. Служба контрразведки (СКР) - Владислав Меньщиков, переведен 7 апреля 2015 с должности начальника ГУСП (источник), до него генерал армии Олег Владимирович Сыромолотов (возглавлял до марта 2015 года, переведен в МИД на должность заместителя министра), заместитель - Николай Зайцев

• Департамент контрразведывательных операций (ДКРО) - руководитель Жомов Александр Васильевич  
• Управление координации и анализа контрразведывательной деятельности (УКАКД) - вице-адмирал Рощупкин Александр Петрович (источник), бывший руководитель А. Ручьев, назначен начальником УФСБ Санкт-Петербурга (источник)
• Управление информационного обеспечения оперативно-розыскной деятельности (УИООРД) 
• Управление специальных мероприятий (источник)
• Центр информационной безопасности (ЦИБ - 18 центр) - Сергей Скороходов (с июля 2017 г. источник), 
• Оперативное управление -- Жахонгир Юлдашев
• Управление информационных технологий -- Алексей Грачев

Департамент военной контрразведки ДВКР -  генерал-полковник Юрьев Николай Петрович (источник),  до него Александр Безверхний 

2. Служба по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом (СЗКСиБТ) - Алексей Седов (до него А.Брагин), заместитель генерал-майор Александр Машкин (ушел в отставку в 2007 году), заместитель - Владимир Муратов (бывший шеф УФСБ Дагестана)

• Управление по борьбе с терроризмом и политическим экстремизмом (УБТПЭ) - Александр Малеваный (умер в мае 2018) (источник) 
• Управление по защите конституционного строя (УЗКС) - генерал-майор А.П. Жало (источник, также)
• Центр специального назначения - Александр Тихонов. Почта - csnsput@fsb.ru
• Управление по борьбе с международным терроризмом (УБМТ) - Юрий Сапунов
• Организационно-оперативное управление
• Оперативно-розыскное управление (ОРУ) 

3. Научно-техническая служба (НТС) - Эдуард Черновольцев, до него Андрей Александрович Фетисов, до него Николай Климашин, первый заместитель - Николай Валентинович Андрианов (источник)

• Центр специальной техники (11 Центр) - Владимир Богданов (источник)
• НИИ-1 (специальной техники) начальник - А.А. Резнев, в ранге заместителя центра  (источник)
• НИИ-2 (криминалистики) - начальник - Кирилл Васильев
• Управление специальной связи УСС НТС (источник) - начальник Николай Андрианов (источник), до него Андрей Иванович Преснов  (в ранге первого заместителя начальника НТС)(источник: Распоряжение Правительства от 12.08.2005 №1212-р)
• Центр защиты информации и специальной связи (8 Центр), бывший Центр безопасности связи ЦБС (бывший ГУБС ФАПСИ) - - А.М. Ивашко (источник)
• Национальный координационный центр по компьютерным инцидентам НКЦКИ 
• Организационно-аналитическое управление - Силантьев Д.А.
• Научно-исследовательский центр НИЦ - Маруев А.Ю.

4. Служба экономической безопасности (СЭБ) - врио Сергей Алпатов (источник), до марта 2021 Сергей Королев (источник), до него Юрий Яковлев, бывший первый заместитель, глава Управления "П" (источник: Указ Президента № 1615 от 27.12.04), до 13.05.08 генерал армии Александр Бортников (до него Юрий Евгеньевич Заостровцев ), первый заместитель - до июня 2008 г. - Ю.В. Яковлев

• Управление по контрразведывательному обеспечению предприятий промышленности Управление "П" - Наиб Нагуманов (источник)
• Управление по контрразведывательному обеспечению транспорта Управление "Т" - Чернышев Сергей Михайлович (источник), до него Федоров А.В. (источник: Распоряжение Правительства от 18.04.2005 №431-р)
• Управление по контрразведывательному обеспечению кредитно-финансовой системы Управление "К" - Иван Ткачев (источник), до него Виктор Воронин (ушел в отставку) (источник), заместитель А.И. Егоров (источник)
• Организационно-аналитическое управление - Юрий Алешин (источник)

5. Служба оперативной информации и международных связей (СОИиМС) (бывшая Cлужба анализа, прогноза и стратегического планирования) - Сергей Беседа (источник) , до него Виктор Иванович Комогоров (также президент спортивного клуба "Динамо". Источник: Распоряжение Правительства от 29.05.03 № 701-р)

• Департамент оперативной информации (ДОИ) - ... бывший начальник Олег Храмов (источник)
• Управление международного сотрудничества
• Информационно-аналитическое управление (ИАУ)
• Отдел открытой информации - ooi@fsb.ru

6. Служба организационно-кадровой работы (СОКР) - Евгений Ловырев

• Управление специальных регистраций
• Управление кадров -- генерал-лейтенант Александр Котов

7. Служба обеспечения деятельности - генерал-полковник Михаил Васильевич Шекин, первый заместитель Новиков Н.К. (Источник: Распоряжение Правительства от 23.07.2005 №1026-р)

• Финансово-экономическое управление
• Управление материально-технического обеспечения (УМТО) - Александр Орлов, до него Василий Кубаев 
• Управление капитального строительства

Контрольная служба -  Крючков В.В.

• Инспекторское управление - Виктор Бакуткин
• Контрольно-ревизионное управление (источник)

Пограничная служба - В. Кулишов, до него Владимир Егорович Проничев

Служба социально-бытового обеспечения (ССБО) - начальник Саблин Анатолий Анатольевич (источник)

Подразделения центрального подчинения

• Управление делами -- заместитель Сарычев А.Д. 
• Приемная ФСБ (на правах отдела) - начальник полковник Виталий Александрович Кондратьев
• Управление собственной безопасности (9-е управление) -- Алексей Вертяшкин, первый зам Александр Филатов, зам Александр Гуртопов (источник)
• 6-ая служба - Иван Ткачев (источник)
• Следственное управление - Василий Петухов (источник), до него Михаил Шишов (снят в августе 2020 источник), вице-адмирал Вячеслав Михайлович Терехов (источник), до лета 2010 года генерал-лейтенант Николай Олешко, до него Мильченко, до него генерал-лейтенант С.Д. Балашов
• Следственный изолятор "Лефортово" - генерал-майор В.И. Маков, потом Сорочкин, потом Репкин (с января 2006 года передан в подчинение Минюст)
• Управление по контрразведывательному обеспечению МВД, МЧС, Минюста (Управление "М") - Владимир Сергиенко (источник)
• Управление специальных программ
• Оперативно-поисковое управление (ОПУ) 17-е управление
• Центр оперативно-технических мероприятий ЦОТМ или 12 Центр -- Михаил Михайлов
• Управление программ содействия - В. Н. Дворников
• Центр общественных связей - руководитель Сергей Игнатченко
• Управление регистрации и архивных фондов (УРАФ) - Васильев А.В. 
• Центральный архив - Николай П. Михейкин
• Управление радиоконтрразведки (управление "Р")
• Управление авиации - Борис Данилов, до него герой России Николай Гаврилов
• Договорно-правовое управление - руководитель В.С. Шелег (источник)
• Центр радиоэлектронной разведки на средствах связи - ЦРРСС, 16 Центр (бывший ГУРРСС ФАПСИ)
• Специальная служба (шифрование)
• Центр по лицензированию, сертификации и защите государственной тайны (Центр «ЛСЗ»)
• Центр специальной физической подготовки (ЦСФП, 14 центр) - руководитель Блинов Юрий Петрович (источник)
• Военно-медицинское управление (ВМУ) -  Вадим Добржанский
• Комендантское управление -Казанчеев Александр Евгеньевич (источник)
• Академия ФСБ - Евгений Сергеевич Сысоев
• Хозяйственное управление 

* Для справки: направление - до 7 сотрудников, отдел - от 8, управление - от 55 человек.