Вторая по своему значению и первая по закрытости российская спецслужба - Главное разведуправление (ГРУ) Генштаба - впервые за постсоветское время подверглась реформированию. Минобороны упразднило разведывательные управления трех видов вооруженных сил, и теперь войсковые разведорганы напрямую подчиняются ГРУ. По мнению экспертов, это не только должно повысить эффективность разведки в условиях отказа от прежней системы управления армией, но и укрепить контроль над службой, из рядов которой вышел обвиняемый в покушении на Анатолия Чубайса полковник Владимир Квачков.
Если разведуправления насчитывали свыше 20 офицеров от майора и выше и их начальниками были генерал-лейтенанты, то численность отделов не превысит шести старших офицеров во главе с полковниками.
Василий Зацепин из лаборатории военной экономики Института экономики переходного периода говорит, что хотя упраздняемые разведуправления по возможностям уступали "центральному аппарату" ГРУ, они полнее учитывали и быстрее откликались на нужды соответствующих штабов. По мнению директора исследовательского Центра "Агентура" Андрея Солдатова, эта реформа давно назрела и должна устранить проблему двойного подчинения войсковых разведорганов - с одной стороны, они подчинялись ГРУ, а с другой - командованиям Видов Вооруженных Сил. Так, начальник разведки ВМФ одновременно был заместителем начальника Главного штаба флота и его подчиненность ГРУ была достаточно формальной. Кроме того, теперь подразделения разведки будут лучше контролироваться.