Структура аппарата Совета безопасности

Секретариат Совета Безопасности (состоит из отделов)

Секретарь - Патрушев Николай Платонович

руководитель секретариата - Чеботарев Сергей Викторович

Первый заместитель - Аверьянов Юрий Тимофеевич

Заместители: 

• Вахруков Сергей Алексеевич
• Венедиктов Александр Николаевич
• Гребенкин Александр Николаевич
• Коков Юрий Александрович
• Нургалиев Рашид Гумарович
• Попов Михаил Михайлович
• Храмов Олег Владимирович

Помощники секретаря:

• Осипов Олег Сергеевич
• Соболев Сергей Александрович
• Тринога Михаил Иванович
• Цветков Дмитрий Юрьевич
• Абелин Александр Павлович
• Мухитов Наиль Мансурович
• Павлов Алексей Анатольевич

В 2000 году штатная численность аппарата была увеличена со 175 до 176 человек - это было сделано ради появления еще одного первого заместителя секретаря СБ. Остальные замы были переназначены на свои прежние должности. 

После реформы правительства и администрации президента весны 2004 года, в ходе которой каждому руководителю в ранге министра было позволено иметь не больше двух заместителей, Совет безопасности лидирует по числу заместителей главы ведомства.